Le laboratoire du CHT : un potentiel en pleine exploration.

Si l’éloignement du CHT de Nouméa peut sembler être un réel défi pour le corps médical, c’est grâce à cette situation géographique qu’il dispose de nombreux équipements de pointe. Sur un territoire de seulement 270 000 habitants, son fonctionnement ressemble à celui d’un CHU, notamment par son rôle de centre expert local. Traiter des cas parfois uniques avec des équipements performants, c’est ce qui rend le travail des praticiens hospitaliers passionnant.

Le Docteur Colot, Pharmacien Biologiste, nous a ouvert les portes du laboratoire de microbiologie pour nous en dire plus sur la réalité du terrain au laboratoire.

Le Maldi-TOF, une révolution pour la bactériologie

Le Maldi-TOF est un spectromètre de masse permettant de réaliser des identifications bactériennes en un temps record et avec une très grande fiabilité. Le principe est de déposer une bactérie sur une cible et de l’exposer à un rayon laser cassant la bactérie en plusieurs protéines qui formeront un spectre de masse caractéristique de la bactérie en question.

Grâce aux résultats obtenus, les cliniciens peuvent adapter précocement les antibiotiques aux germes identifiés ceci afin d’utiliser le traitement le plus efficace.

Cet équipement permet d’optimiser :

• Le rendu des résultats : l’identification d’un germe est obtenue en seulement 1 minute, contre environ 1 journée avec les techniques biochimiques classiques, ce qui est une véritable révolution pour le monde de la bactériologie
• La fiabilité des résultats: la base de données du Maldi-TOF comporte plus de 6000 références d’espèces disponibles, contre 500 avec les techniques conventionnelles

Si la majorité des CHU sont dotés de Maldi-TOF, cet automate est encore rarement disponible dans des hôpitaux de la taille du CHT de Nouméa. Pour le Médipôle, cet équipement qui représente un réel investissement est largement justifié par son utilisation en routine (identification bactérienne) mais aussi en recherche, permettant de développer des partenariats avec les instituts de recherche du territoire.

Un partenariat avec l’Institut Pasteur et l’Université de Nouvelle Calédonie.

Si l’utilisation majeure du Maldi-TOF est dédiée aux identifications bactériennes quotidiennes, il est également utilisé par plusieurs équipes de recherche du territoire. Ces recherches ont notamment permis d’affiner l’identification des différentes espèces de moustiques responsables d’arboviroses, répondant ainsi à des problématiques de santé publique. D’autres travaux ont permis de mettre au point d’une base de données de champignons mycorhiziens arbusculaires, favorisant la re-végétalisation des espaces miniers désaffectés.

Des recherches sur la résistance des bactéries.

L’objectif de l’année 2023, sera d’essayer de mettre en évidence des résistances bactériennes aux antibiotiques directement à partir du Maldi-TOF, permettant ainsi une adaptation de l’antibiothérapie encore plus précoce et ciblée.

Le MinION, le séquenceur portable.

Le MinION est un séquenceur miniature utilisant la technique de séquençage par des nanopores. Ces derniers vont mesurer des variations de courant électrique lors du passage d’ADN dans ces pores. Les variations enregistrées par le MinION sont caractéristiques de chacune des bases nucléotidiques A, T, C et G, constitutives du génome de tout être vivant, permettant au MinION d’en reconstituer la séquence.

Cet équipement a été installé au laboratoire du CHT en 2021 et il permet actuellement de séquencer les différents variants du COVID afin de suivre la circulation et l’introduction potentielle de nouveaux variants.

Un potentiel en exploration.
Le MinION a un grand potentiel de développement qui reste à explorer et qui sera un des objectifs des prochaines années. Développer de nouvelles techniques (séquençage et PCR) est justement la mission de l’ingénieur en biologie moléculaire du laboratoire. Les dernières mises au point de techniques ont notamment permis de mettre au point des techniques de PCR appliquées aux pathologies tropicales, comme l’histoplasmose ou encore de la fièvre hémorragique des roussettes.

Un cadre professionnel passionnant.
Arrivé sur le territoire en sac à dos en 2012, le Docteur Colot n’en est finalement jamais reparti, ceci pour plusieurs raisons. Tout d’abord, un cadre professionnel passionnant où il a la chance de travailler dans un laboratoire aussi bien, voire mieux équipé que certains laboratoires de métropole. Il se sent également soutenu par la direction sur les différents projets portés par le laboratoire. Enfin, avec un laboratoire et un CHT à taille humaine, la proximité entre les différents professionnels de santé favorise une prise en charge optimale des patients.